Elle se situe sous le chœur de l’édifice
D’un point de vue architectural, elle relève du même projet d’ensemble que celui lancé en 1180. L’examen du chevet de l’église dont le premier niveau est celui de la crypte, le démontre indéniablement. Elle appartient donc au premier âge gothique.
Cette crypte n’a pas été construite en vue d’accueillir des sépultures : L’étude de son sol en a démontré l’inexistence.
Les deux anciens escaliers d’accès, visibles de l’intérieur de la crypte (ouvertures murées en hauteur dans les murs du fond des nefs collatérales de la crypte), trahissent sa fonction première :
Ces escaliers étaient empruntés par les pèlerins venus prier devant des reliquaires et des châsses contenant les restes de saints. Ils descendaient processionnellement par les marches du premier escalier, pour remonter ensuite par le second, ce qui permettait une gestion efficace du flux des visiteurs.
Cette organisation et cette habitude qui trouva son apogée à l’époque romane se perpétua au début de l’ère gothique, pour ensuite évoluer : les reliquaires et les châsses remontèrent alors dans l’église haute. C’est ainsi que le reliquaire de Saint Vaneng est exposé à l’extrémité gauche du transept de l’abbatiale.
La crypte ayant perdu cette fonction dépositaire de reliques, les accès par l’intérieur de l’église furent murés. Elle devint alors une église basse dédiée à des offices religieux pour les moines puis plus tard, des groupes restreints de fidèles, qui y accédaient par l’extérieur, mais également par un escalier, connecté à l’abbaye, qui fut muré après la révolution.
Au XXe siècle, un nouvel escalier débouchant dans le transept de l’abbatiale fut créé.
La crypte est composée d’une nef centrale et de deux nefs collatérales. Ses voûtes à croisée d’ogive reposent notamment sur trois colonnes monolithes au centre. Les chapiteaux présentent une grande variété de décors à crochets ou feuillage.
Les gisants (pierres tombales) d’Odon IV, seigneur de Ham de 1216 à 1234 et d’Isabelle de Béthencourt, son épouse, y sont déposés. Il s’agit d’éléments remarquables de par leur exécution.
La crypte possédait de très beaux vitraux représentant les armoiries des seigneurs et des personnalités qui ont attaché leur nom à Ham du XIVe au XIXe siècle.
De l’avis général, la crypte classée de l’abbatiale de Ham est considérée comme l’une des plus belles de la région des Hauts de France.
On peut y admirer deux magnifiques pierres tombales appelées gisants : ceux d’Odon IV, seigneur de Ham de 1216 à 1234 et d’Isabelle de Béthencourt, son épouse.